𝔾itbook是一种基于html的电子书，也就是说这种书需要用网页打开，当然也可以下载源码后在本地打开，这种书籍不同于传统纸质书籍。好处是不限于文本字体字号的格式，而且由于是网页格式，我们可以在电子书里看到很多动态的效果，比如地图、交互式图片、甚至是视频等。 谢益辉大神开发的bookdown可以很好的生成gitbook，目前很多电子书都是基于bookdown生成，它是基于markdown这种轻量级 … 阅读全文 →

来自楚新元的blog内容：https://cxy.rbind.io/html/cy.html 例如，现在有一个博客地址是https://www.apreshill.com/blog/，这个网站右下角提供了 RSS 地址https://www.apreshill.com/blog/index.xml，复制这个地址，然后新建一个 .Rproj 项目，运行以下代码： if … 阅读全文 →

最早了解到tinyarray这个包是在简书上，作者是小洁忘了怎么分身 ，当时只是看了一个ID转换的教程，后面发现这是个真正的大神，这简直就是一个包罗万象的包，而且还在不断的更新，功能也越来越完善，作者也不辞辛苦的写教程，大家可以自行前去学习。 当然作者也有微信公众号，叫做生信星球公众号，微信号: bioinfoplanet，里面也有很多很实用的教程，一直都指引着我，也希望大家多关注学习。 目前有了 … 阅读全文 →

最近，看到了一个关于jamovi的统计学软件的介绍，界面类似于SPSS，然后后台却是基于R语言制作。除了熟悉的SPSS操作界面外，还可以加载R包模块，甚至还可以自己开发一些模块来使用。在B站上大致看了下教程，可以说常见的统计功能比较齐全，非常适合医学生的研究统计工作。 然而，我花了一上午时间也没把安装包给下载下来，直接卡在第一步。 花了几分钟浏览了网页介绍，其实jamovi的核心就是使用JMV]这 … 阅读全文 →

之前我在简书上写了一篇“如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count”的教程，原以为没什么人看的。不过这两天简书上有朋友私信我，如何只下载lncRNA的数据。这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。 我这里想借鉴两种方法，链接在这里： … 阅读全文 →

临床上经常需要处理PCR数据，但是一般下机给的都是Ct值（或者Cq值），这时候我们需要用一个相对恒定的内参基因（一般是GAPDH或actin）去校正，一般而言，Ct值越大，其实代表他的相对表达量最少。 现在最普遍使用的方法是-2∆∆Ct法，当然还有针对PCR array的专门算法，这里不说。 PCR数据要有三列，一列是组名，一列是内参基因的Ct值，一列是目的基因的Ct值，计算方法是-2∆∆Ct … 阅读全文 →

实验室经常使用WB验证蛋白表达水平,使用ImageJ算出个泳道的灰度值以后,需要做归一化和均一化处理,步骤如下: […] 这个功能可以很容易使用Excel or WPS实现,当然也可以直接进行T检验,但是发现如果所有值是1的话,是无法在excel上使用t检验函数的,当然最常见的统计软件是SPSS,最常用的作图工具是Graphpad Prism或Origin,不过定制性最高的我认为是R … 阅读全文 →

之前我在简书上写过几个画柱状图和统计的教程，随着对R语言的熟练，加上一些新包的出现，其实已经有了更简单的办法和代码，我这人很懒，能少写代码就少写，虽然很多啰嗦的代码可以让你更清楚的了解它的含义。 目前而言，ggplot2和ggpubr是最常用的统计作图工具，当然也有ggstatsplot这种更专业的统计作图包，不过个人而言，我觉得最好的作图工具还是ggplot2，但是ggpubr的代码更简单，两者 … 阅读全文 →

泛癌的基因表达量一般可以用TCGA和GTEx实现，而肿瘤细胞系一般用CCLE数据库. 临床生信之家是一个很好的在线工具，目前上架了CCLE的功能，出的图见下，可以实现单基因在泛癌和单病种的可视化，但是这个网址什么都好，就是有次数限制，后面使用要加钱，而且价钱不菲，学生党望而却步。。。 会R语言，当然可以省掉这笔巨款，而且可以DIY，乐趣无穷 首先去CCLE官网下载数据，目前网页更新了，功能也多了 … 阅读全文 →

最近在学习bookdown，顺便复现了我的硕士论文，网址是https://swcyo.github.io/masterthesis/ 这个完全是用R生成的，安装好bookdown以后，新建一个Project，类型选择Book project using bookdown 写书的原理是一个一个的Rmd文件，首页是index，然后按00-，01-，02-，03-这样新建或重命名Rmd文档，默认按数字的 … 阅读全文 →