之前我在简书上写过一个"GEO数据国内镜像下载、基因注释、差异分析、火山图、热图及后续处理“的教程，现在看来，这个教程还是有一些误区的，留了一些坑。现在AnnoProbe已经上市，可以重新再演示一下。 首先我想说一下关于这个包的历史，AnnoProbe是曾建明老师2020年开发的一款用于下载GEO数据集并注释的R包，最初开发的是一个叫GEOmirror的包，而更早之前是建明老 … 阅读全文 →

有时候，我们从GEO数据库挖掘了好几组数据集的差异表达基因，我们需要统计这些基因列表的交集，一般可以用韦恩图和Upset图。而韦恩图一般适合小样本的交集，而多个样本的话可以用Upset图来表示。 比如，我们通过GEO2R工具，获得了差异基因列表的结果，假设有6个基因列表，我们可以把显著性差异表达基因提取处理，用excel制作一个genelist，表头是数据集，每列是基因，保存为list.csv,导 … 阅读全文 →

最早了解到tinyarray这个包是在简书上，作者是小洁忘了怎么分身 ，当时只是看了一个ID转换的教程，后面发现这是个真正的大神，这简直就是一个包罗万象的包，而且还在不断的更新，功能也越来越完善，作者也不辞辛苦的写教程，大家可以自行前去学习。 当然作者也有微信公众号，叫做生信星球公众号，微信号: bioinfoplanet，里面也有很多很实用的教程，一直都指引着我，也希望大家多关注学习。 目前有了 … 阅读全文 →