有时候你通过各种挖掘，筛选出了一些基因，你可能需要对这些基因进行生存分析，常规的办法可能要去下载所有的基因表达量和临床表型，然后再去一个个分析。说真的，这样很低效，我们可以利用survminer包的ggsurvplot_facet()函数进行分面绘制，类似于ggolot2的facet。 […] 我建议去xena浏览器的可视化卡片去直接筛选数据，这样可以节省很多很多时间，而且我建议你使 … 阅读全文 →

𝕤urvminer包的ggsurvplot()函数可以画好看的生存分析曲线，也可以用分面的方法分面绘制多组图片（教程可以见我以前给生信助手上的一个小建议「凌云34」Multiple Overall Survival Plots(2)，但是它的图却不是标准的ggplot2格式，所以对于多个生存曲线图，你并不能使用cowplot，ggarrange和patchwork进行拼接，甚至于Y叔开发 … 阅读全文 →

之前我写过一个用R做单因素和多因素Cox生存分析的教程，可以用来评估某个基因是否作为某个生存状态的独立影响因素，而有时候，我们还需要画生存曲线，用于区分不同组在生存时间上的不同，那么一看好看的生存曲线，需要哪些数据？又是如何利用R画一个好看的生存曲线呢？ 目前我们的生存曲线，叫KM法生存曲线，KM法即乘积极限法（product-limit method），是现在生存分析最常用的方法，是 … 阅读全文 →

𝔾itbook是一种基于html的电子书，也就是说这种书需要用网页打开，当然也可以下载源码后在本地打开，这种书籍不同于传统纸质书籍。好处是不限于文本字体字号的格式，而且由于是网页格式，我们可以在电子书里看到很多动态的效果，比如地图、交互式图片、甚至是视频等。 谢益辉大神开发的bookdown可以很好的生成gitbook，目前很多电子书都是基于bookdown生成，它是基于markdown这种轻量级 … 阅读全文 →

来自楚新元的blog内容：https://cxy.rbind.io/html/cy.html 例如，现在有一个博客地址是https://www.apreshill.com/blog/，这个网站右下角提供了 RSS 地址https://www.apreshill.com/blog/index.xml，复制这个地址，然后新建一个 .Rproj 项目，运行以下代码： if … 阅读全文 →

经常会看到许多以“down”结尾的单词，其中最重要的当属markdown，但作为R语言的学习者，开发了各种各样的down，我大致梭罗了一些，做一介绍， […] 一款轻量级语句工具，基础中的基础，码字之王。 这个基本就不用介绍了，Markdown 是一个 Web 上使用的文本到HTML的转换工具，可以通过简单、易读易写的文本格式生成结构化的HTML文档。 … 阅读全文 →

这个教程来自Y叔的听说你用R把证件照给一键换底了 首先准备一张证件照（打码照）,比如蓝底图 1，png或jpg格式的都可以，用magick这个包的image_read()函数把它读进来，用ggplotify转换成ggplot图片 library(magick) x<-image_read('你的照片.jpg') ggplotify::as.ggplot(x) Figure … 阅读全文 →

以前有个叫export的神包，因为可以把R语言的图片甚至是表格，导出为ppt等各种格式，所以很有影响力。Y叔的公众号曾力推过，见我不会用illustrator，只会用ppt！，很方便的导出。 然而当你输入这个代码时，却提示。。。。 install.packages("export") 原因就是2020的某一天开始，这个包就被下架了，那么对于已经下架的R包，我们应该如何安装呢？ … 阅读全文 →

之前我在简书上写过一个"GEO数据国内镜像下载、基因注释、差异分析、火山图、热图及后续处理“的教程，现在看来，这个教程还是有一些误区的，留了一些坑。现在AnnoProbe已经上市，可以重新再演示一下。 首先我想说一下关于这个包的历史，AnnoProbe是曾建明老师2020年开发的一款用于下载GEO数据集并注释的R包，最初开发的是一个叫GEOmirror的包，而更早之前是建明老 … 阅读全文 →

有时候，我们从GEO数据库挖掘了好几组数据集的差异表达基因，我们需要统计这些基因列表的交集，一般可以用韦恩图和Upset图。而韦恩图一般适合小样本的交集，而多个样本的话可以用Upset图来表示。 比如，我们通过GEO2R工具，获得了差异基因列表的结果，假设有6个基因列表，我们可以把显著性差异表达基因提取处理，用excel制作一个genelist，表头是数据集，每列是基因，保存为list.csv,导 … 阅读全文 →