有时候你通过各种挖掘，筛选出了一些基因，你可能需要对这些基因进行生存分析，常规的办法可能要去下载所有的基因表达量和临床表型，然后再去一个个分析。说真的，这样很低效，我们可以利用survminer包的ggsurvplot_facet()函数进行分面绘制，类似于ggolot2的facet。 […] 我建议去xena浏览器的可视化卡片去直接筛选数据，这样可以节省很多很多时间，而且我建议你使 … 阅读全文 →

今天一大早（其实快10点了）还在睡觉，李老师问我想知道几个基因在几个TCGA癌症中的相关性。 其实这个问题是很好解决的，我们只要有各种基因在各种癌症的表达量就可以了，然后就是一个相关性分析，图的话就是一个散点图，excel都能做。 可以在线做相关性分析的网址很多，比如xena、ualcan、gepia（官网上的介绍上用非log归一化进行计算，用log归一化进行可视化，好奇怪的设 … 阅读全文 →

之前我在简书上写了一篇“如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count”的教程，原以为没什么人看的。不过这两天简书上有朋友私信我，如何只下载lncRNA的数据。这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。 我这里想借鉴两种方法，链接在这里： … 阅读全文 →

其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法 使用的是GDCRNATools，这个包可以下载RNA、miRNA和lncRNA，数据也是count，有人说能不能下载FPKM或者TPM，其实count才是最原始的，自己找一个包转换成TPM … 阅读全文 →