泛癌的基因表达量一般可以用TCGA和GTEx实现，而肿瘤细胞系一般用CCLE数据库. 临床生信之家是一个很好的在线工具，目前上架了CCLE的功能，出的图见下，可以实现单基因在泛癌和单病种的可视化，但是这个网址什么都好，就是有次数限制，后面使用要加钱，而且价钱不菲，学生党望而却步。。。 会R语言，当然可以省掉这笔巨款，而且可以DIY，乐趣无穷 首先去CCLE官网下载数据，目前网页更新了，功能也多了 … 阅读全文 →

最近在学习bookdown，顺便复现了我的硕士论文，网址是https://swcyo.github.io/masterthesis/ 这个完全是用R生成的，安装好bookdown以后，新建一个Project，类型选择Book project using bookdown 写书的原理是一个一个的Rmd文件，首页是index，然后按00-，01-，02-，03-这样新建或重命名Rmd文档，默认按数字的 … 阅读全文 →

很早的时候，我给自己做过一个个人简历的网站并上传到Github上了，但是由于Github很不稳定，所以我又导到码云上，不得不说码云确实很快，至少很多github的包可以无缝导入gitee安装了。 目前RStudio已经更新到1.4版了，最让人惊喜的是有了对markdown编辑可视化的界面了，这极大方便了我这种不喜欢代码的懒人，其实我们现在的静态网站基本都是基于markdwon，尽管已经有很多软件可 … 阅读全文 →

方差齐性检验 […] 方差具有齐性 […] student-t检验 […] 双尾假设 […] 单尾假设（less或greater） […] 方差不具有齐性 […] 近似t检验（t） […] 双尾假设 […] 单尾假设（less或greater） […] … 阅读全文 →

𝕠ncomine是一个很好的肿瘤数据库，功能很强大，也有可视化的操作，但是最大的问题是数据不能很好的获得，，而且自带的图很丑（而且只是png），关于oncomine的教程有很多，比较经典有解螺旋的教程，比如下面这个，基本涵盖了常用的功能： […] 然而，大神yikeshu0611默默的为我们付出，之前开发了一个R包叫ROncomine可以很方便的获得数据，并且再次出图，不过最近又更新 … 阅读全文 →

在科研工作中，使用较多的应该就是两独立样本的显著性检验，也就是我们常说的比较两个组有没有统计学差异，比方说我们收集了身高数据，想比较男性和女性的身高有没有差别，这就是两独立样本的显著性检验，而最让人耳熟能详的就是t检验，然而有时候（我认为更多的适合）却又有一个非参数检验，其实统计学不那么严谨的话，基本都是用t检验，然而这样暴力的选择并不科学，那么到底该如何选择才是最科学的呢？ 目前常用的统计软件 … 阅读全文 →

最近一直在学习用RStudio建博客和写文章或书什么的，有了Rmarkdown的支持，可以渲染很有有用的可视化效果，但是很多语句都是基于markdown语言来写的，虽然markdown作为一款轻量级的语言，很适合用来写东西，而不是来排版，但是一直用代码，也是很烦人的，尤其我又是一个懒人，我要的是效果，而不是代码。 虽然有很多在线编辑器，也有Typora这种可视化的软件支持，但都是拆东墙补西墙的办 … 阅读全文 →

其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法 使用的是GDCRNATools，这个包可以下载RNA、miRNA和lncRNA，数据也是count，有人说能不能下载FPKM或者TPM，其实count才是最原始的，自己找一个包转换成TPM … 阅读全文 →