最近在学习bookdown，顺便复现了我的硕士论文，网址是https://swcyo.github.io/masterthesis/ 这个完全是用R生成的，安装好bookdown以后，新建一个Project，类型选择Book project using bookdown 写书的原理是一个一个的Rmd文件，首页是index，然后按00-，01-，02-，03-这样新建或重命名Rmd文档，默认按数字的 … 阅读全文 →

很早的时候，我给自己做过一个个人简历的网站并上传到Github上了，但是由于Github很不稳定，所以我又导到码云上，不得不说码云确实很快，至少很多github的包可以无缝导入gitee安装了。 目前RStudio已经更新到1.4版了，最让人惊喜的是有了对markdown编辑可视化的界面了，这极大方便了我这种不喜欢代码的懒人，其实我们现在的静态网站基本都是基于markdwon，尽管已经有很多软件可 … 阅读全文 →

𝕠ncomine是一个很好的肿瘤数据库，功能很强大，也有可视化的操作，但是最大的问题是数据不能很好的获得，，而且自带的图很丑（而且只是png），关于oncomine的教程有很多，比较经典有解螺旋的教程，比如下面这个，基本涵盖了常用的功能： […] 然而，大神yikeshu0611默默的为我们付出，之前开发了一个R包叫ROncomine可以很方便的获得数据，并且再次出图，不过最近又更新 … 阅读全文 →

在科研工作中，使用较多的应该就是两独立样本的显著性检验，也就是我们常说的比较两个组有没有统计学差异，比方说我们收集了身高数据，想比较男性和女性的身高有没有差别，这就是两独立样本的显著性检验，而最让人耳熟能详的就是t检验，然而有时候（我认为更多的适合）却又有一个非参数检验，其实统计学不那么严谨的话，基本都是用t检验，然而这样暴力的选择并不科学，那么到底该如何选择才是最科学的呢？ 目前常用的统计软件 … 阅读全文 →

使用blogdown搭建hugo博客，关于hugo网上教程很多，要安装好多好多软件,还要好多代码,这里只说R-studio,因为只要安装一个就够了,我现在说下可能会遇到的坑 […] 可以看这个：https://cosx.org/2018/01/build-blog-with-blogdown-hugo-netlify-github/ […] 我的是MacOS,当然有一定 … 阅读全文 →

其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法 使用的是GDCRNATools，这个包可以下载RNA、miRNA和lncRNA，数据也是count，有人说能不能下载FPKM或者TPM，其实count才是最原始的，自己找一个包转换成TPM … 阅读全文 →