有很多好用的R包第一时间都不是发布在CRAN或者BiocManager，而是放在Github上，尤其是很多开发版的包，可以说是第一手资源。可是，很多时候由于网络限制，可能我们并不能在不科学上网的情况下成功安装，那么就有这几种情况 […] 这种情况下很好办，可以用devtools或者remotes安装，先安装这两个包，然后直接install_github(用户名/仓库名) # … 阅读全文 →

最早了解到tinyarray这个包是在简书上，作者是小洁忘了怎么分身 ，当时只是看了一个ID转换的教程，后面发现这是个真正的大神，这简直就是一个包罗万象的包，而且还在不断的更新，功能也越来越完善，作者也不辞辛苦的写教程，大家可以自行前去学习。 当然作者也有微信公众号，叫做生信星球公众号，微信号: bioinfoplanet，里面也有很多很实用的教程，一直都指引着我，也希望大家多关注学习。 目前有了 … 阅读全文 →

我们在安装R包的时候，如果不是本地安装的话，需要调用网络，而目前的服务器基本都是在国外，所以经常会出现网络不稳定的情况，这个时候我们就需要设置镜像源，目前基本都有国内的镜像，所以每次安装包的时候最好先设置一下镜像源。 安装的过程中，会提示安装依赖的包，基本都是无脑安装，但是安装前还是建议先设置一下镜像，CRAN的可以在RStudio直接设置，而BiocManager的话，建议先输入以下代码选择一个 … 阅读全文 →

最近，看到了一个关于jamovi的统计学软件的介绍，界面类似于SPSS，然后后台却是基于R语言制作。除了熟悉的SPSS操作界面外，还可以加载R包模块，甚至还可以自己开发一些模块来使用。在B站上大致看了下教程，可以说常见的统计功能比较齐全，非常适合医学生的研究统计工作。 然而，我花了一上午时间也没把安装包给下载下来，直接卡在第一步。 花了几分钟浏览了网页介绍，其实jamovi的核心就是使用JMV]这 … 阅读全文 →

之前我在简书上写了一篇“如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count”的教程，原以为没什么人看的。不过这两天简书上有朋友私信我，如何只下载lncRNA的数据。这个功能在GDCRNATools里好像上不支持的，因为这个包都是下载全部的RNA数据（包括其他的TCGA工具基本都是只下载RNA数据），具体要区分mRNA和lncRNA是要有专门注释文件的。 我这里想借鉴两种方法，链接在这里： … 阅读全文 →

临床上经常需要处理PCR数据，但是一般下机给的都是Ct值（或者Cq值），这时候我们需要用一个相对恒定的内参基因（一般是GAPDH或actin）去校正，一般而言，Ct值越大，其实代表他的相对表达量最少。 现在最普遍使用的方法是-2∆∆Ct法，当然还有针对PCR array的专门算法，这里不说。 PCR数据要有三列，一列是组名，一列是内参基因的Ct值，一列是目的基因的Ct值，计算方法是-2∆∆Ct … 阅读全文 →

𝕓logdown是个好东西，奈何经常连不上Github怎么办，连不上Github，你连第一步都完成不了，还怎么搞个人博客，总不能老去科学上网，这东西多了，你懂的。。。 经过我N次不断的尝试，发现安装主题时（blog down::install_theme()），主要是去调取Github的压缩文件（以"archive/master.tar.gz"结尾），我们访问不 … 阅读全文 →

实验室经常使用WB验证蛋白表达水平,使用ImageJ算出个泳道的灰度值以后,需要做归一化和均一化处理,步骤如下: […] 这个功能可以很容易使用Excel or WPS实现,当然也可以直接进行T检验,但是发现如果所有值是1的话,是无法在excel上使用t检验函数的,当然最常见的统计软件是SPSS,最常用的作图工具是Graphpad Prism或Origin,不过定制性最高的我认为是R … 阅读全文 →

之前我在简书上写过几个画柱状图和统计的教程，随着对R语言的熟练，加上一些新包的出现，其实已经有了更简单的办法和代码，我这人很懒，能少写代码就少写，虽然很多啰嗦的代码可以让你更清楚的了解它的含义。 目前而言，ggplot2和ggpubr是最常用的统计作图工具，当然也有ggstatsplot这种更专业的统计作图包，不过个人而言，我觉得最好的作图工具还是ggplot2，但是ggpubr的代码更简单，两者 … 阅读全文 →

泛癌的基因表达量一般可以用TCGA和GTEx实现，而肿瘤细胞系一般用CCLE数据库. 临床生信之家是一个很好的在线工具，目前上架了CCLE的功能，出的图见下，可以实现单基因在泛癌和单病种的可视化，但是这个网址什么都好，就是有次数限制，后面使用要加钱，而且价钱不菲，学生党望而却步。。。 会R语言，当然可以省掉这笔巨款，而且可以DIY，乐趣无穷 首先去CCLE官网下载数据，目前网页更新了，功能也多了 … 阅读全文 →