有时候你通过各种挖掘，筛选出了一些基因，你可能需要对这些基因进行生存分析，常规的办法可能要去下载所有的基因表达量和临床表型，然后再去一个个分析。说真的，这样很低效，我们可以利用survminer包的ggsurvplot_facet()函数进行分面绘制，类似于ggolot2的facet。 […] 我建议去xena浏览器的可视化卡片去直接筛选数据，这样可以节省很多很多时间，而且我建议你使 … 阅读全文 →

之前我写过一个用R做单因素和多因素Cox生存分析的教程，可以用来评估某个基因是否作为某个生存状态的独立影响因素，而有时候，我们还需要画生存曲线，用于区分不同组在生存时间上的不同，那么一看好看的生存曲线，需要哪些数据？又是如何利用R画一个好看的生存曲线呢？ 目前我们的生存曲线，叫KM法生存曲线，KM法即乘积极限法（product-limit method），是现在生存分析最常用的方法，是 … 阅读全文 →

𝕎ord（还有WPS）是一个非常高效率的文档编辑软件，然而平时我们最多也就是使用10%不到的功能。然而Word的默认设置就是一个大炕，许多功能都隐藏在一个小角落里，或者说很多学生压根根本不知道，有很多可以自动实现的功能最后都是花费大量的时间去手动调节，这样就会很低效。 毕业论文是有硬性格式规定的，而且涉及到很多不同的字体、字号、间距等问题。那么能不能在论文书写前就提前设置好呢，这样我们在书写论文的 … 阅读全文 →

这个教程来自Y叔的听说你用R把证件照给一键换底了 首先准备一张证件照（打码照）,比如蓝底图 1，png或jpg格式的都可以，用magick这个包的image_read()函数把它读进来，用ggplotify转换成ggplot图片 library(magick) x<-image_read('你的照片.jpg') ggplotify::as.ggplot(x) Figure … 阅读全文 →

以前有个叫export的神包，因为可以把R语言的图片甚至是表格，导出为ppt等各种格式，所以很有影响力。Y叔的公众号曾力推过，见我不会用illustrator，只会用ppt！，很方便的导出。 然而当你输入这个代码时，却提示。。。。 install.packages("export") 原因就是2020的某一天开始，这个包就被下架了，那么对于已经下架的R包，我们应该如何安装呢？ … 阅读全文 →

之前我在简书上写过一个"GEO数据国内镜像下载、基因注释、差异分析、火山图、热图及后续处理“的教程，现在看来，这个教程还是有一些误区的，留了一些坑。现在AnnoProbe已经上市，可以重新再演示一下。 首先我想说一下关于这个包的历史，AnnoProbe是曾建明老师2020年开发的一款用于下载GEO数据集并注释的R包，最初开发的是一个叫GEOmirror的包，而更早之前是建明老 … 阅读全文 →

有时候，我们从GEO数据库挖掘了好几组数据集的差异表达基因，我们需要统计这些基因列表的交集，一般可以用韦恩图和Upset图。而韦恩图一般适合小样本的交集，而多个样本的话可以用Upset图来表示。 比如，我们通过GEO2R工具，获得了差异基因列表的结果，假设有6个基因列表，我们可以把显著性差异表达基因提取处理，用excel制作一个genelist，表头是数据集，每列是基因，保存为list.csv,导 … 阅读全文 →

比如你筛选了某个基因，或者某个因素，突然审稿人跟你说要你做单因素和多因素的Cox分析，让你评估是否是某个危险因素的独立影响因素，这个可以在survival包里实现。 关于单因素Cox回归分析，很好理解，只要挖掘处p<0.05的因素就行，但是对于多因素Cox分析，有的文献说是要挑选p<0.05的因素，有的文献说要挑选p<0.2的因素，这个其实都是可以设置的。。。 我们 … 阅读全文 →

今天一大早（其实快10点了）还在睡觉，李老师问我想知道几个基因在几个TCGA癌症中的相关性。 其实这个问题是很好解决的，我们只要有各种基因在各种癌症的表达量就可以了，然后就是一个相关性分析，图的话就是一个散点图，excel都能做。 可以在线做相关性分析的网址很多，比如xena、ualcan、gepia（官网上的介绍上用非log归一化进行计算，用log归一化进行可视化，好奇怪的设 … 阅读全文 →

 hugo-prose主题是支持评论插件的，但是yihui老师的示例教程只写了Disqus和Utterances两个单词，那么应该如何添加上呢？ […]  先去Disqus官网申请一个账号，然后直接在根文件夹（Blogdowm）或主题文件夹（hugo）的config.yaml上的disqusShortname: ““那行里面，写上你注册的ID就可以了，然后在所 … 阅读全文 →